当院の開基は太田善兵衛政唯（まさただ）で、江戸城を築城した武蔵国の太田道灌の末裔（まつえい）である。政唯の父資政（すけまさ）は会津若松に住んでいたが、政唯は故（ゆえ）あって天王村（現潟上市）に下り、菊地吉之丈に奇遇（きぐう）し、のち船越（現男鹿市）に居を構えた。
　かねて禅宗に帰依していた善兵衛政唯は、同村塩口・櫻庭金之丈の助力を得て、一宇の堂を建立し、久保田城下の歓喜寺 三世生山祖長大和尚を招請して自性院を開闢（かいびゃく）。時は慶長年間（1596〜1615）と伝えられている。

　自性院二十五世大安玄機大和尚時、明治１５年（1882）に火災焼失し、秋田の家老職の家を求めて再建したが、二十八世道圓哲宗大和尚の代の昭和１０年（1935）３月２４日に再び類焼し、同年１０月に再建された。

　現在の伽藍は二十九世大英道雄大和尚が昭和５８年に位牌堂建立したのにはじまり、平成３年９月から庫裡、客殿、座禅堂、本堂と建築工事を進めて、平成８年５月に完成したものである。